## 連続撮影データの自動一括再構成手順 on windows PC

### 前提条件

以下の3つのファイルが同一ディレクトリに存在すること。

- `a.his`
- `conv.bat`
- `output.log`

### 手順

#### 1. rc-check.bat の実行 (自動CTの場合は act_rc-check.bat)

```
rc-check.bat 撮影枚数 測定回数
```

例：`rc-check.bat 2101 4`

このバッチファイルは以下の処理を自動で行う。

1. 分割データの作成（`spl 撮影枚数 測定回数 > aaa.bat` および `call aaa.bat` を実行）
2. 各分割ディレクトリで `call conv.bat` および `ct_rec_g_c 120` を実行して試し再構成を行う

**注意**：`120` は計算する高さの仮値である。自身のデータに合わせて適切な値に変更すること。

実行完了後、`rc-check` ディレクトリ内に以下が生成される。

- 各ディレクトリの試し再構成画像
- `..\center.log`

#### 2. 結果の確認

**この時点で `rc-check` 内の画像データに異常がないか必ず確認すること。**

#### 3. 本再構成の実行 gen-all.bat  (自動CTの場合は act_gen-all.bat)

確認が完了したら、以下を実行する。

```
gen-all center.log
```

**事前準備**：`gen-all` の27-31行目を自身の環境に合わせて編集すること。画素サイズの設定も忘れずに確認する。

### 異常があった場合の対処

`rc-check` 内の画像に異常がある場合は、以下の手順で対応する。

1. 該当ディレクトリで手動再構成を行う
2. 正しい回転軸の位置を特定する
3. `center.log` の2列目の値を修正する

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## Automatic Batch Reconstruction Procedure for Continuous Imaging Data on windows PC

### Prerequisites

Ensure the following three files are located in the same directory:

- `a.his`
- `conv.bat`
- `output.log`

### Procedure

#### 1. Run rc-check.bat  (act_rc-check.bat for auto CT)

```
rc-check.bat <number_of_frames> <number_of_measurements>
```

Example: `rc-check.bat 2101 4`

This batch file automatically performs the following operations:

1. Creates split data  
   (executes `spl <number_of_frames> <number_of_measurements> > aaa.bat` and then `call aaa.bat`)
2. Performs a trial reconstruction in each split directory by running  
   `call conv.bat` and `ct_rec_g_c 120`

**Note:** The value `120` is a temporary height parameter for the reconstruction.  
Adjust it appropriately according to your dataset.

After execution, the following items will be generated inside the `rc-check` directory:

- Trial reconstruction images for each directory
- `..\center.log`

#### 2. Check the Results

**At this stage, make sure to verify that there are no abnormalities in the image data inside `rc-check`.**

#### 3. Run the Final Reconstruction with gen-all.bat   (act_gen-all.bat for auto CT)

Once verification is complete, execute:

```
gen-all center.log
```

**Preparation:**  
Edit lines 27–31 of `gen-all` to match your environment.  
Also ensure that the pixel size settings are correct.

### Handling Abnormalities

If any abnormalities are found in the images inside `rc-check`, follow these steps:

1. Perform a manual reconstruction in the affected directory  
2. Determine the correct rotation axis position  
3. Modify the value in the second column of `center.log`

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